營利事業出售股票等證券交易所得雖是停徵所得稅，但必須全數計入基本所得額課稅，後來為配合證券交易所得課稅制度改革，同時鼓勵長期投資，在101年間修正放寬規定，營利事業自102年1月1日起，出售持有滿3年以上的股票，在計算當年度證券交易所得時，減除其當年度出售持有滿3年以上股票的交易損失，餘額為正數者，以餘額半數計入當年度基本所得額；餘額為負數者，自發生年度的次年度起5年內，從當年度證券交易所得中減除。
營利事業應採用先進先出法計算所出售股票的持有期間，舉例說明，甲公司分別在99年1月1日及101年1月1日以每股50元購入乙公司股票15萬股及30萬股。甲公司在102年7月1日以每股70元出售該股票20萬股，按先進先出法計算持有期間，其中15萬股係出售99年1 月1日所購入的股票，屬持有滿3年以上，可適用減半計入基本所得額的證券交易所得為300萬元〔（70元－50元）×15萬股〕。餘5萬股屬出售101年1月1日所購入的股票，持有期間未滿3年，因此股票交易損益100萬元應全數計入基本所得額。故甲公司102年度應計入基本所得額的證券交易所得為250萬元〔（300萬元∕2）+100萬元〕
營利事業應採用先進先出法計算所出售股票的持有期間，舉例說明，甲公司分別在99年1月1日及101年1月1日以每股50元購入乙公司股票15萬股及30萬股。甲公司在102年7月1日以每股70元出售該股票20萬股，按先進先出法計算持有期間，其中15萬股係出售99年1 月1日所購入的股票，屬持有滿3年以上，可適用減半計入基本所得額的證券交易所得為300萬元〔（70元－50元）×15萬股〕。餘5萬股屬出售101年1月1日所購入的股票，持有期間未滿3年，因此股票交易損益100萬元應全數計入基本所得額。故甲公司102年度應計入基本所得額的證券交易所得為250萬元〔（300萬元∕2）+100萬元〕