獨資合夥企業的獨資資本主或合夥組織合夥人要注意了，自辦理104年度營利事業所得稅結(決)、清算申報時，要以全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳的結算稅額於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
小規模之營利事業，無須辦理結(決)、清算申報，但其營利事業所得額，仍維持現行課稅制度，由獨資資本主或合夥人列為個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
103年6月4日公布「所得稅法」部分條文修正案，修正所得稅法第71條、第75條規定，有關非小規模營利事業之獨資合夥組織辦理結(決)、清算申報的報繳稅方式，並自104年度起施行，謹臚列修正前後報繳稅方式對照如下。
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所得年度 |
104年度以後 |
98至103年度 |
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結(決)、清算申報 |
應辦理申報 (小規模之營利事業免辦) |
應辦理申報 |
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應繳納之稅額 |
應計算 |
無須計算 |
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營所稅稅額 |
應自繳稅額＝ (應納稅額×½－尚未抵繳之扣繳稅額) |
免繳納 |
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綜合所得稅 -營利所得 |
1.營利所得＝(營利事業所得額－應納稅額×½) 2.可抵繳之扣繳稅額＝0元 |
1.營利所得＝營利事業所得額 2.可抵繳之扣繳稅額＝營利事業之扣繳稅額 |
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暫繳申報 |
無須辦理 |
無須辦理 |
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未辦理結算申報之處理 |
填具滯報通知書，送達納稅義務人(小規模營利事業免填) |
填具滯報通知書，送達納稅義務人(小規模營利事業免填) |
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滯、怠報 之處分 |
1.滯報金＝ 核定應納稅額×½×10% (1,500元＜滯報金＜30,000元) 2.怠報金＝ 核定應納稅額×½×20% (4,500元＜怠報金＜90,000元) |
1.滯報金＝核定之所得額按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額×10% (1,500元＜滯報金＜30,000元) 2.怠報金＝核定之所得額按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額×20% (4,500元＜怠報金＜90,000元) |
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短、漏報 之處罰 |
短、漏之課稅所得額，按所漏稅額之半數，依規定倍數處罰 |
短、漏之課稅所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，按規定倍數處罰 |