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員工高薪低報類型案件多半發生於雇主意圖不實為員工投保勞、健保所致,常見於發生勞資糾紛後,部分員工勇於向國稅局揭發雇主不法行為,雖然該類案件涉嫌薪資扣繳不實,但並非屬公司行號逃漏營利事業所得稅行為。

本局進一步說明,公司行號付給員工的薪資屬於「費用」的一種,亦即員工的薪資實為公司「所得」的減項,申報的薪資費用越多所需報繳的營利事業所得稅越少。實務上曾發生高薪低報的檢舉案件,公司因扣繳不實遭罰,但檢舉人未就實際所得申報個人綜合所得稅亦遭補稅處分。本局表示,無論檢舉人檢舉動機為何,檢舉逃漏稅仍須依據實情檢具具體事證舉發。